رئیس موسسه بالاترین مقام اجرایی یک موسسه است.

مسولیتهای یک رئیس موسسه از کشور به کشور، و از موسسه به موسسه متفاوت است. بطور مثال، در ایران، روسای موسسه مقاماتی انتصابی هستند، در حالیکه در کشورهای غربی اغلب این مقام از طرف خود موسسه انتخاب و نامزد می‌شود. در برخی موسسههای آمریکا، دانشجویان قدرت عزل رئیس موسسه را دارند.

در ایران ریاست موسسه بالاترین مقام در موسسه است که با پیشنهاد وزیر علوم، تحقیقات و فناوری و تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی برای دوره چهار ساله به این مقام منتصب می شود که زمان این دوره در صورت موافقت افزایش می یابد.

تمامی معاونتها ، ادارات و دفاتر موسسه زیر نظر ریاست عالی موسسه مدیریت می شوند.